正面ゲート
正面ゲート。ここからワールドマップに出入りします。
噴水広場
多くの候補生がいつもくつろいでいる噴水広場です。ここからは正面ゲート、闘技場、飛空挺発着所、エントランスへ行くことができます。
闘技場
ここでは経験値を稼ぐことができる模擬戦闘と、スリープモードにしている間に少しずつ経験値を稼ぐことができる秘密特訓が可能です。
飛空挺発着所
その名のとおり飛空挺の発着所ですが、基本的にあまり用はない場所。
エントランス
魔導院内部のエントランス。ここからはクリスタリウム、軍令部、廊下へ行けるほか、ワープ装置で魔法局、武装第六研究所、リフレッシュルーム、テラス、サロン、と様々な場所へ移動できます。もっとも通ることになる場所でしょう。
チョコボ牧場
所持しているチョコボを交配させて新たな種類のチョコボを生み出すことができる施設です。最初に訪れた際、チョコボを計20匹ももらえるので必ず寄りましょう。
魔法局
ここでは作戦中のスペシャルオーダー(S.O.)のON/OFF切替ができます。また、アレシアの部屋へと通じていています。ただし、入ることはできずイベントがある場合は部屋の扉に！マークが出ます。
アレシアの部屋
アレシアの部屋。出入りすることはできず、イベントがある場合に訪れることになります。
クリスタリウム
図書室のような場所で、ゲームのタイトル画面から見れる「歴史」と同じ項目を見ることができます。様々なデータを閲覧可能です。
廊下
0組の教室へと続く廊下。レリックもあります。
リフレッシュルーム
候補生たちが集まる憩いの場。サブイベントや依頼が発生する場合が多いです。
テラス
テラス。自由時間が6時間を切った場合、ここにはエミナが出現します。
軍令部第二作戦課
ここでは通信プレイで得たSPPを消費して買い物ができるSPPショップがあります。また、タチナミに話せば自由時間を飛ばして一気に作戦まで進むことが可能です。
サロン
候補生が集まるサロンです。リフレッシュルームなどと同様、依頼やイベントがよく発生する場所です。
アルトクリスタリウム
魔法の強化が可能なアルトクリスタリウムがあります。ただし最初に訪れて以降はレリックでもアルトクリスタリウムによる魔法の強化が可能になるのでほとんど用がない場所。また、最初に訪れた際には「サンダーRF」を獲得できます。
0組 教室
大抵の場合、何人かの0組所属の人物がくつろいでいます。自由時間にはモーグリに話すことによって授業を受けて能力値アップや経験値獲得を行えます。自由時間がなくなった際には必ずここに来てクラサメから作戦の概要を聞くことになります。
裏庭
ここには0組のメンバーしかいません。よくイベントがあります。
墓地
イベントでしか入れない場所です。ほとんど用はありません。
